自體免疫問題是引起落髮的主要因素之一。目前醫學上對於自體免疫疾病的成因依然有許多不同的理論，包括基因、飲食和毒素負荷等環境因素、新陳代謝因素、病原或細胞損傷累積過多所造成的負荷等等，都被認為是誘發自體免疫疾病的原因。
許多典型的自體免疫疾病會發生在較為年輕的階段，例如20-40歲左右，包括紅斑性狼瘡、橋本氏甲狀腺炎、乾燥症、多發型硬化症等，然而隨著年齡增加，體內所偵測到的自體免疫抗體的數量會逐步上升，現在也發現中老年人的自體免疫疾病有逐步提高盛行率的現象。
自體免疫疾病一旦發生，幾乎都是終生的問題。臨床上要完全讓自體免疫疾病所發生的免疫失調恢復正常是很困難的。然而，透過各種免疫調節的治療，包括抗發炎、抗氧化壓力，新陳代謝調節、神經反應調節、毒素負荷降低、壓力調節、飲食與生活型態調整等等，在實務上能夠讓免疫系統的運作維持在較為穩定的狀態，進而減緩自體免疫問題。
甲狀腺
甲狀腺的功能主要是調節全身的新陳代謝效能，當進入中高齡時，甲狀腺功能會開始逐步退化，使得新陳代謝速率變慢，這也是許多人會覺得自己在一定年齡之後，似乎喝口水都容易變胖的原因之一。對於女性來說，當出現有前更年期早衰，女性荷爾蒙不平衡雌激素優勢問題，也會干擾甲狀腺的功能。
另外，甲狀腺也會受到壓力、免疫、營養狀態的影響，例如某些食物容易造成甲狀腺功能衰退，碘的攝取不足則會讓甲狀腺素分泌下降。當甲狀腺不足時，除了造成容易落髮，也會導致脂肪囤積、體力衰退、腦部心智反應變慢、水腫等症狀出現。尤其是在各種落髮的成因當中，甲狀腺功能低下佔有十分重要的角色，臨床上也不乏因為落髮而發現是自體免疫疾病橋本氏甲狀腺炎所造成。
